Il ninjutsu, come molte altre AM giapponesi, si ispira a fonti cinesi. Le sue origini sono intorno al 500-300 a.C.
Una traduzione di ninjutsu può essere "l'arte della furtività", infatti i ninja si occupavano di sabotaggi, infiltrazioni e assassinii. Comunque, l'arte del ninjutsu può essere divisa in tre categorie: la raccolta delle informazioni, spionaggio; assassinii, sovversione, annientamento delle difese nemiche; azioni sul campo di battaglia (imboscate ecc.).
Dopo il sesto secolo, forti corporazioni di ninja si crearono a kyoto e le loro scuole aumentarono fino al numero di 25 centri durante il periodo Kamakura.
I ninja venivano assoldati da famiglie o leader per assassinare o spiare gli altri componenti del clan della famiglia.
Venivano però anche usati nella rete di spionaggio dello Shogun.
Le famiglie di ninja erano raggruppate in gruppi di più famiglie, detti clan. Ogni clan aveva il suo capo (Jonin) che formulava i piani e stipulava contratti; poi c'erano i sottocapi (Chunin) e infine gli agenti (Genin), che provvedevano a svolgere tutti icompiti e le missioni assegnate.
Le armi e le caratteristiche di ogni ryu venivano conservate segretamente tramandate di padre in figlio. Le armi che dovevano essere maneggiate alla perfezione erano l'arco, la spada e la lancia.
Dovevano imparare le tecniche dello iaijutsu, shurikenjutsu e anche a maneggiare le spade corte ed i coltelli.
Potevano avere anche pugni di bronzo(shuko), garrotte, dardi avvelenati (i ninja erano esperti chimici), dei toniki (arpioni) e ovviamente i famosi shuriken.
Gli shuriken erano degli aculei forgiati che potevano essere lanciati in successione e con rapidità. Questo però non avveniva mai perché gli shuriken e gli shaker servivano solo ad indebolire l'avversario, quindi raramente erano mortali.
Un'altra arma del ninja, forse una delle più famose, era il kiotetsu-shoge, cioè una corda che aveva legato un peso ad una estremità ed una lama a doppio taglio dall'altra. Quest'arma era molto pericolosa per il nemico, ma lo stesso poteva diventare per il ninja se non conosceva bene la tecnica.
Altra arma era quel bastone di bambù che aveva al suo interno una catena che poteva uscire fuori mostrando un blocco di piombo.
I ninja avevano sempre con loro degli oggetti che potevano aiutarli a respirare sott'acqua o per arrampicarsi su pareti lisce e non. Per respirare sott'acqua, avevano dei tubi di legno o dei sacchi gonfiabili d'aria che potevano essere legati insieme e usati per oltrepassare corsi d'acqua.
Si dice persino che i ninja fossero abili prestidigitatori e che conoscessero l'arte dell'ipnosi (saimijutsu).